Es un proceso químico, que consiste en el rompimiento de la molécula de agua, por activación luminosa, separando al oxígeno del hidrógeno. En la fotosíntesis, es uno de los pasos más importantes, ya que se libera una considerable cantidad de energía y electrones.

La fotólisis del agua consiste en separar las moléculas que la constituyen y tener una ganancia de energía y liberación de electrones.
En la fase oscura de la fotosíntesis, las reacciones enzimáticas ocurren en el estroma del cloroplasto, y no requiere ni de luz, ni de clorofila, debido a que utiliza la energía química del ATP y el poder reductor del NADPH para fijar al bióxido de carbono (CO2) , proveniente de la atmósfera, e introducirlo a la planta por las hojas, en el intercambio de gases por los estomas. Este CO2, interviene en la síntesis enzimática para formar azúcares simples y posteriormente almidón y otros compuestos orgánicos. El almidón en forma de gránulos, sólo se almacena en el estroma del cloroplasto, por breves períodos de tiempo. Esta fase del proceso de la fotosíntesis, es también llamada ciclo de Calvin.
Esta fase ocurre en el estroma del cloroplasto, donde no hay tilacoides, y las enzimas catalizan la transformación del bióxido de carbono (CO2) , en glucosa (C6H12O6), usando los protones de la coenzima NADP (Nicotinamida Adenina Dinucleótido Fosfato), y la energía del ATP (Adenina Trifosfato).

En la fase oscura de la fotosíntesis o ciclo del Calvin puedes observar que lo importante es la formación de glucosa a partir del bióxido de carbono.
Todos los procesos de la fotosíntesis se llevan a cabo en los cloroplastos. Estos organelos celulares se hallan solamente en las células vegetales y están estructurados de manera tal que la eficiencia en la ganancia de energía es sumamente alta. Así mismo, los cloroplastos contienen DNA exclusivo del cloroplasto, que le permite replicarse cuando las condiciones climáticas y fisiológicas se lo permiten. Este DNA exclusivo del cloroplasto sólo tiene la información necesaria para formar nuevos cloroplastos y es completamente diferente del DNA genómico, en el cual se halla inscrita toda la información genética de una especie que la hace característica y la diferencia de otras especies.