Existen muchas maneras de clasificar a los seres vivos, sin embargo, la división más importante en la biosfera es la brecha que separa a los procariontes, es decir organismos cuyo ADN no está encerrado dentro de una membrana nuclear, de los llamados eucariontes, que son aquellos cuyas células poseen al menos una membrana nuclear. Las células, ya sean procariontes o eucariontes, son las unidades básicas de la vida. Todos los organismos están formados por células nucleadas, que surgieron de la unión de distintas células bacterianas debido a un proceso de simbiosis o, para usar un término que data del siglo XIX, como simbiogénesis.
Simbiosis es un término que acuñó el botánico alemán Antón de Bary en 1873 para referirse, en forma literal, a la "vida en comunidad de dos organismos de nombres diferentes”. La cohabitación por un tiempo prolongado puede producir simbiogénesis, es decir, la aparición de nuevos cuerpos, nuevos tejidos, nuevos órganos, nuevas especies. La mayoría de las innovaciones evolutivas fueron y son producto de la simbiogénesis, un término y un concepto propuesto por el biólogo ruso Konstantin Merezhkhosvky (1855-1921).





El microorganismo Cyanophora paradoxa alberga en su célula estructuras fotosintéticas -semejantes a cianobacterias esféricas-, y comparte con las células hospedadoras algunas de sus moléculas de alimento producidas por fotosíntesis.
Se cree que algunos procariotas fotosintéticos (cianobacterias) fueron ingeridos por células eucarióticas depredadoras y aerobias (pero no fotosintéticas), de mayor tamaño, las cuales tampoco pudieron digerir a su presa, con lo que las cianobacterias sobrevivieron en su nuevo hospedador, pasando a formar parte de las células depredadoras. La idea es que se pudieron haber convertido en los precursores de los cloroplastos, con lo que habrían dado origen a nuevas células eucarióticas fotosintéticas (autótrofas).
Las mitocondrias son organelos que contienen su propio ADN, que es una sola molécula circular, semejante al ADN de las bacterias. Además, sólo otras mitocondrias generan a las mitocondrias, que se dividen dentro e la célula.
El origen de cilios, flagelos y centriolos se pudo haber dado a partir de la simbiosis entre algunas células eucarióticas primitivas y bacterias móviles del tipo espirilo (bacterias espiroquetas) de vida libre. El descubrimiento de que los centriolos poseen una pequeña cantidad de ADN apoya esta hipótesis, porque se ha interpretado que ese ADN sería una parte del que originalmente poseía la bacteria simbiótica.